飼料液相色譜儀硅膠色譜柱在清洗時，強溶劑洗不掉色譜柱上殘留的污染物。然后需要使用更強的溶劑或多種溶劑來清洗色譜柱。一般來說,所有的清潔方法都有相似的模式,使用的溶劑隨著溶劑強度的增加而增加，后一種溶劑通常是非常疏水的(如乙酸乙酯)，可用于溶解非極性物質(zhì)，如脂類和油脂。使用多種溶劑時，確保每種溶劑都可以與下一種溶劑混溶。在清洗過程結(jié)束時，必須使用中等強度的可混溶溶劑返回原始溶劑系統(tǒng)。
以下溶劑可用于硅膠鍵合柱常用的緩沖溶液：
100％甲醇、100％乙腈、75％乙腈-25％異丙醇、100％異丙醇、100％二氯甲烷和100％正己烷。
使用二氯甲烷或正己烷后，因為在使用原始水相溶劑之前必須用異丙醇清洗溶劑相容的色譜柱，所以每種溶劑應清洗至少10倍的色譜柱體積。
要恢復原始溶劑系統(tǒng)，不必沖洗每一步，中間步驟可以跳過。在中間步驟中，可以使用異丙醇，然后使用無緩沖液的流動相，最后恢復初始流動相配置。四氫呋喃是常用的另一種去除污染的溶劑。如果色譜柱被嚴重污染，二甲基亞砜或二甲基甲酰銨和水可以以50∶50的比例混合，并以低于0.5ml/min的流速流過色譜柱反相柱的成功再生是一個非常耗時的過程，并且溶劑洗滌可以通過梯度洗脫系統(tǒng)操作。另一個問題是色譜柱在清洗過程中是否會被反沖，因為大部分強烈保留的污染物會積聚在色譜柱頭上，這反過來會縮短被沖出色譜柱的污染物的移動距離。考慮到填充柱的穩(wěn)定性，大多數(shù)液相色譜柱的填充壓力遠遠高于正常操作壓力，因此它們的床層不應受到反向流速的影響。然而，如果頭部的燒結(jié)直徑大于尾部的燒結(jié)直徑例如，尾部燒結(jié)的孔徑為2μm，這通常可以保持填料的平均孔徑為5μm。如果孔徑大于填充粒度分布曲線的最小粒度，一些填料會通過這些間隙流出色譜柱，這將導致空白空間。
清洗飼料液相色譜儀色譜柱的頻率主要取決于有多少強殘留物質(zhì)流過色譜柱，因為反相色譜柱有時會在分辨率消失或重影峰出現(xiàn)之前承受大量污染，用戶通常會等到異常情況出現(xiàn)后才開始注意。然而，污染物的過度積累會使清洗色譜柱更加困難。因此，當經(jīng)常裝載雜質(zhì)較多的樣品時，應定期清洗色譜柱。
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